Francisco Palencia volverá al Cruz Azul después de 20 años, se fue como uno de los máximos goleadores en la historia de la institución celeste y regresará como entrenador, para tratar de corregir lo hecho por Raúl Gutiérrez.
Los cementeros lo vetaron durante varios años, pero ahora que no está el expresidente Guillermo Álvarez ni su gente nada impedirá que vuelva al club que lo vio nacer.
Se fue por la puerta de atrás. Uno de los fracasos más grandes de Cruz Azul se dio en la Copa Libertadores 2003, pues en la Fase de Grupos fue goleado 6-1 por el Fénix de Uruguay y en los Cuartos de Final fue eliminado por el Santos FC de Brasil.
En esta temporada, el delantero rockero tuvo fuertes roces con sus compañeros y ocasionó que se dividiera el vestidor. Se formaron dos grupos. El de los mexicanos lo lideraban Francisco Palencia, Óscar Pérez y Sergio Almaguer. El de los extranjeros estaba encabezado por Sebastián Abreu, Pablo Galdames y Julio César Pinheiro.
Luego de la humillación en el torneo de la Conmebol y el mal paso en Liga MX, Billy Álvarez rescindió el contrato del entrenador Mario Carrillo y de todos los futbolistas, aunque después renegoció con algunos de ellos, mientras que otros se fueron porque no aceptaron las nuevas condiciones.
Tras salir de la peor manera de Cruz Azul, Francisco Palencia llegó en la segunda mitad del 2003 a las Chivas, en donde marcó varios goles, pero no pudo ganar ningún título.
En 2005 lo mandaron a las Chivas USA y en 2007 llegó a los Pumas, club en el que también fue figura y con el que se retiró en 2011.
